在食品生產加工中影響其質量的因素很多，其中很重要的因素是來自各種污染。說起食品的消毒，可能各種規范文件、體系文件是面面俱到，但食品加工設備的消毒卻很少關注，使得加工設備對食品之間的交叉感染日益嚴重。防控食品加工設備自身的污染，是保障食品衛生安全的重要措施之一。 
    從上可知，食品加工設備是影響食品質量的一個重要因素。食品加工設備的污染包含兩層意思，第一：加工設備自身不對食品產生污染，也不會對環境產生污染，但存在較大的安全隱患；第二：不但對食品產生污染，并會污染操作人員，形成雙重的二次交叉感染。為此，為防止在生產過程對食品可能造成的各種污染，以及可能影響環境和對人體健康的危害等因素，食品加工設備的設計一定要符合GMP的要求，減少污染因素，并對污染要有好的防控。同時，食品設備制造企業應該為食品加工企業，提供可防控或易防控污染的優質產品。

      食品加工設備的使用者及維保人員，要做好對各類加工設備的分門別類的保養，學習設備在功能、外觀結構、材料選擇、設備驗證方面的各種知識。要保證食品設備不被二次污染，有如下的途徑： 
1.在工藝上使用氣體的設備尤其是氣體與食品或直接與食品包裝材料接觸的設備，氣體需要經終端過濾除菌處理； 
2.洗瓶或其他食包材清洗設備，應考慮到工藝用水的潔凈度，一般使用已消毒自來水或純化水，如洗瓶機、膠塞清洗等設備的用水； 
3.生產中產生粉塵的設備應設置除塵機或捕塵機構，如粉碎機、制粒機、壓片機等； 
4.在潔凈室或安裝食品動態消毒機的受控場所，通過凈化空調或通風系統對各功能間凈化并保持相對的壓差，可防止粉塵擴散，防止交叉污染。 
    在食品生產中，設備的清洗和滅菌是驅除微生物污染的主要手段，對所有設備、管道及容器等按規定必須徹底清洗和滅菌，以消除活性成分及其衍生物、輔料、清潔劑、潤滑劑、環境污染物質的交叉污染，消除沖洗水殘留異物及設備運行過程中釋放出的異物和不溶性微粒，降低或消除微生物及熱原對食品的污染。 
    其他滅菌方法也值得關注。如：(1)利用AORODO新臭氧滅菌技術對潔凈區空氣滅菌，能殺死多種致病微生物，有較廣的擴散性，無死角，不存在任何有毒殘留物，沒有二次污染，具有良好的環保性；（2）對從業人員手部采用NCL-Q8自動感應手消毒器殺菌，因上班前手部消毒不徹底或上班過程中未重復消毒，除了二次污染食品外，并會二次污染食品加工設備，最后疊加交叉污染食品，導致食品不合格；(3)純化水出口應設置滅菌裝置，保證純化水的出口質量；(4)緩沖室安裝食品動態消毒機，防止對進入潔凈區的工具、物料、包材等被空氣中細菌二次污染。

     沃霖設計建議：設計應符合食品生產及工藝的要求，安全、穩定、可靠、易于清洗、消毒或滅菌，便于生產操作和維修保養，并能防止差錯和交叉污染。