一般無菌室是一個4-5平米，2.5米高的獨立小房間(與外界隔離)，專用于微生物實驗室，可以用板材和玻璃搭建。無菌室外面要設置緩沖室，門要開錯方向，防止氣流帶入雜菌。無菌室和緩沖室都有密封，室內配備的通風設備都要有空氣過濾裝置。在獲得無菌環境和無菌材料后，我們只有保持無菌狀態，才能研究一種特定的已知微生物。
在獲得無菌環境和無菌材料后，需要保持無菌狀態，以便研究某種特定的已知微生物或利用其功能，否則很容易混入各種外界微生物。外來微生物混入的現象在微生物學上稱為雜菌。污染預防是微生物學中的一項關鍵技術。無菌室一方面是消滅菌，一方面是防止污染，這是無菌技術的兩個方面。此外，還要防止被研究的微生物，特別是自然界不存在的病原微生物或基因工程微生物從實驗容器中逃逸到外界環境中。為了這些目的，微生物學中有許多措施。
無菌室內地面和墻壁都要光滑，不易藏污納垢，便于清潔。工作臺的臺面應該是水平的。無菌室和緩沖室配有紫外燈，無菌室的紫外燈距離工作臺1m。進入無菌室時，工作人員應穿著消毒過的衣服和帽子。
目前絕大多數無菌室存在于微生物工廠，而一般實驗室使用的是超凈臺。超凈平臺的主要作用是利用空氣層流裝置清除工作平臺上部包括微生物在內的各種微小灰塵。通過電動裝置，空氣經過過濾器后進入工作臺，使工作臺始終保持在流動無菌空氣的控制下。而且靠近外部有高速氣簾，防止帶菌空氣進入外部。
在條件艱苦的地方，也可以用木質無菌盒代替超凈臺。該無菌盒結構簡單，易于移動。盒子前面有兩個孔，不操作時用推拉門堵住，操作時可以把胳膊伸進去。上部裝有玻璃，方便內部操作。盒子內部裝有紫外線燈。從側門，你可以放入器具和菌株。